Un chateau est déjà implanté au sommet de la "roca fissada" (la roche fissurée en occitan) dès le XI° siécle.
Il serait revenu, par mariage, à Raymond De Péreille, seigneur de Montségur, en 1205.
Roquefixade fut assiégé par Simon de Montfort à la tête de la croisade contre Albigeois de 1209 à 1212. Le village sera rasé pour être remplacé par une bastide.
En 1263, la seigneurie de Roquefixade dépend du Comte de Foix puis devient chatellenie royale en 1272 à la suite de la rédition du Comte de Foix, et le restera jusqu'à la révolution.
Pour faire simple, Au XII°, une nouvelle religion prend de l'ampleur dans le Languedoc: le Catharisme.
Les Cathares (de "pur" en grec) pronnent la pauvreté et le renoncement en opposition avec le clergé catholique riche et corrompu à l'époque. Ils ne reconnaissaient aucune hiérarchie mais se différenciaient en "bons hommes" ou "bons chrétiens", les simples adeptes et les "parfaits" ceux des bons hommes a avoir reçu le consolament, sorte de Baptême Cathare.
Dès 1119, un concile est organisé à Albi pour dénoncer l'hérésie Cathre. Il semblerait que ce soit la raison pour laquelle la croisade à venir sera menée contre les "Albigeois", la papauté croyant Albi comme le lieu principal du Catharisme.
En 1209, le légat du pape, chargé de lutter contre les Cathares, et qui venait d'excommunier Raymond VI, comte de Toulouse, se fait assassiné et la croisade contre les albigeois est proclamée. celle-ci ruine le comté de Toulouse et provoque sa chute avec la signature du traité de Paris le 12 avril 1229. En 1271, il est intégré au domaine royal français par mariage.
L'hérésie n'est cependant pas éteinte. Dès 1209, Dominique de Guzman est envoyé à Toulouse pour prêcher le retour au catholicisme. Il fonde ainsi l'ordre des moines prêcheurs, les dominicains.
La croisade n'ayant pas fait disparaître l'hérésie cathare, le pape charge alors les Dominicains de mettre en place l'inquisition pour traquer les derniers cathares.
Il faudra attendre 1244 et la chute de Montségur pour en finir avec l'hérésie cathare.
En 1204, le site était occupé par une forterresse en ruine. Raymond de Péreille y fait installé un castrum. Le village fortifié devient un abri pour les Cathares pourchassés dans tout le Languedoc.
En mai 1243, les croisés assiègent Montségur sur ordre de Louis IX.
Le 1° mars 1244, les Cathares sont contraints de se rendre. Les croisés leur proposent la vie sauve s'ils renient leur foi. 220 (hommes, femmes ou enfants) refusent et seront brûlés vifs sur un bûcher au pied de Montségur.
La place forte revient alors à Guy de Lévis, Maréchal de Foix.
Il fait rasé le Castrum et le village Cathare et rebâti la citadelle dont il reste l'enceinte aujourd'hui. Une garnison y gardera la frontière avec le royaume d'Aragon jusqu'au traité des Pyrénées en 1659